Die genauen Auswirkungen des Vertrags auf das Funktionieren der EU ließen viele Fragen offen (Unsicherheiten, die zu Forderungen nach einem neuen Vertrag als Reaktion auf die Wirtschaftskrise Ende der 2000er Jahre geführt haben). [32] Bei der Bewertung der Auswirkungen waren das Parlament mit seiner Machtaufstockung und der Europäische Rat die größten Gewinner von Lissabon. In den ersten Monaten unter Lissabon kam es wohl zu einem Macht- und Führungswechsel von der Kommission, dem traditionellen Integrationsmotor, zum Europäischen Rat mit seinem neuen hauptamtlichen und längerfristigen Präsidenten. [33] Die Spaltung zwischen den Präsidenten der Kommission und des Europäischen Rates beinhaltete Überschneidungen, potenzielle Rivalitäten und schwerfällige Kompromisse, wie beide Präsidenten, die an internationalen Gipfeltreffen teilnahmen, theoretisch jeder mit eigener Verantwortung, aber unweigerlich mit einer beträchtlichen Grauzone. Es wurde erwartet, dass die Stellen – wie nach dem neuen Vertrag erlaubt – im Jahr 2014 zusammengelegt werden könnten, wenn ihre beiden Mandate ausliefen. [34] Portugal hatte Darauf gedrängt und Deutschland unterstützt, eine Einigung über ein Mandat für eine Regierungskonferenz unter ihrer Präsidentschaft zu erzielen. Nach den Verhandlungen im Juni und der endgültigen Regelung über einen 16-seitigen Rahmen für den neuen Reformvertrag hat die Regierungskonferenz über die Ausarbeitung des neuen Vertrags am 23. Juli 2007 begonnen. Die Regierungskonferenz wurde nach einer kurzen Zeremonie eröffnet. Die portugiesische Präsidentschaft legte ein 145-seitiges Dokument (mit zusätzlichen 132 Seiten mit 12 Protokollen und 51 Erklärungen) mit dem Titel entwurf des Vertrags zur Änderung des Vertrags über die Europäische Union und des Vertrags zur Gründung der Europäischen Gemeinschaft vor und stellte es als Ausgangspunkt für den Ausarbeitungsprozess auf der Website des Ministerrats zur Verfügung.

[18] Die Unterzeichnung des Vertrags von Lissabon fand am 13. Dezember 2007 in Lissabon, Portugal, statt. Die Regierung Portugals hat aufgrund des damaligen Vorsitzes des Rates der Europäischen Union eine Zeremonie im Kloster Jerénimos aus dem 15. Jahrhundert, dem gleichen Ort, an dem Portugals Beitrittsvertrag zur Europäischen Union (EU) unterzeichnet wurde, 1985 unterzeichnet. [25] Vertreter der 27 EU-Mitgliedstaaten waren anwesend und unterzeichneten den Vertrag als Bevollmächtigte, die das Ende der Vertragsverhandlungen markierten.